Sejarah Program Studi Pendidikan Biologi di UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta diawali dari rekam jejak panjang Fakultas Tarbiyah yang pertama kali dibuka pada tahun akademik 1960/1961 sebagai bagian dari IAIN Sunan Kalijaga. Kehadiran fakultas ini bertujuan untuk mempersiapkan tenaga pendidik dan ahli di bidang pendidikan Islam. Seiring berjalannya waktu, IAIN Sunan Kalijaga resmi beralih status menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 50 Tahun 2004, yang kemudian mendorong alih nama menjadi Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK).

Perjalanan spesifik program studi ini dimulai ketika resmi beroperasi pada tahun 1999 dengan nama awal Tadris Pendidikan Biologi di bawah naungan fakultas. Pembentukan prodi ini difokuskan untuk mencetak tenaga pendidik dan akademisi di bidang sains biologi yang berlandaskan nilai-nilai keislaman. Seiring dengan penataan nomenklatur dan tata kelola akademik, nama program studi ini secara resmi disesuaikan menjadi Program Studi Strata 1 (S1) Pendidikan Biologi pada tahun 2007.

Dalam perkembangannya, mutu kurikulum dan penjaminan kualitas pendidikan di Prodi Pendidikan Biologi terus mengalami peningkatan yang signifikan. Hal tersebut terbukti ketika program studi ini berhasil meraih status Akreditasi Unggul dari Lembaga Akreditasi Mandiri Kependidikan (LAMDIK) berdasarkan Surat Keputusan Nomor 626/SK/LAMDIK/Ak/S/VI/2023.

Penguatan aspek pembelajaran difokuskan pada penguasaan perancangan pembelajaran, evaluasi proses belajar, hingga manajemen kelas yang didukung oleh tenaga pengajar ahli dan fasilitas laboratorium biologi modern. Selain itu, atmosfer akademik prodi makin berkembang melalui integrasi program Merdeka Belajar Kampus Merdeka (MBKM) serta penyelenggaraan agenda ilmiah seperti International Conference on Religion, Science and Education (ICRSE).

Saat ini, Prodi Pendidikan Biologi UIN Sunan Kalijaga mengukuhkan posisinya sebagai lembaga pendidikan unggul yang mencetak lulusan sebagai pendidik, peneliti, pengelola pendidikan, dan edupreneur. Seluruh pengembangan program studi diarahkan pada pemaduan keilmuan biologi berbasis potensi lokal dan teknologi, yang senantiasa terintegrasi dengan nilai-nilai keislaman bagi peradaban.