Berdasarkan kebijakan Kementerian Agama dan UIN Sunan Kalijaga memperhatikan acuan dasar tentang rekrutmen dan tes seleksi mahasiswa baru dapat dilaksanakan dengan beberapa jalur, adapun keputusan rektor tentang seleksi sebagai berikut:
1) PMA No. 40 Tahun 2014 tentang perubahan atas PMA No.22 Tahun 2014 tentang statuta Universitas Islam Negeri Yogyakarta
2) permen riset dan teknologi no. 60 tahun 2018 tentang penerimaan mahasiswa baru program sarjana pada perguruan tinggi negeri
3) permendikbud no. 6 tahun 2020 tentang penerimaan mahasiswa baru program sarjana pada perguruan tinggi negeri
4) keputusan rektor no. 139.1 tahun 2019 tentang penerimaan calon mahasiswa baru jalur mandiri portofolio
5) Keputusan Rektor No. 107.1 tahun 2019 tentang penerimaan calon mahasiswa baru jalur mandiri CBT 2
6) Keputusan Rektor No. 139.2 tahun 2019 tentang penerimaan calon mahasiswa baru jalur mandiri PBT (difabel mahasiswa)
7) Keputusan rektor no. 122.1 tahun 2019 tentang penetapan peserta lulus SBMPTN
8) Keputusan rektor no. 56 tahun 2019 tentang penerimaan calon mahasiswa baru jalur SNMPTBN
9) Keputusan Rektor No. 118.1 tahun 2019 tentang penerimaan calon mahasiswa baru jalur UM-PTKN
10) Keputusan Rektor No. 133 tahun 2022 tentang penetapan pengelompokan uang kuliah tunggal (UKT) calon mahasiswa baru jalur mandiri Computer Based Test (CBT) 2, portofolio skor UTBK-SBMPTN, portofolio skor UM-PTKIN, portofolio difabel, portofolio Keberagaman dan portofolio luar negeri
11) dok. standar mutu, sasaran mutu, dan rencana mutu bagian mahasiswa
12) pedoman akademik universitas program sarjana (S-1) Tahun 2021.
Kebijakan tertulis dalam peraturan perundangan atau peraturan perguruan tinggi yang mengatur tentang program layanan dan pembinaan mahasiswa dalam bidang Jenis program layanan dan pembinaan minat, pembinaan bakat, pembinaan penalaran, pembinaan kesejahteraan, pembinaan keprofesian termuat sebagai berikut:
1) PMA Republik Indonesia No.26 Tahun 2013 tentang ORTAKER UIN Sunan Kalijaga pasal 58-60.
2) Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 4961 Tahun 2016 tentang pedoman umum organisasi kemahasiswaan pada PTKI.
3) Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga No. 151.1 Tahun 2018 tentang tata tertib mahasiswa UIN Sunan Kalijaga