Pengelolaan keuangan, sarana, dan prasarana pada prodi dilaksanakan berdasarkan kebijakan perguruan tinggi yang meliputi:
1) Keputusan Ditjen Pendis No.6906 Tahun 2020 tentang petunjuk teknis bantuan operasional perguruan tinggi keagamaan islam negeri tahun 2021
2) Keputusan Menkeu RI No. KMK 301/KMK.05/2007 tanggal 2 Juli 2007 tentang penetapan UIN Sunan Kalijaga pada Depag sebagai Instansi pemerintah yang menerapkan pola pengelolaan keuangan BLU
3) Regulasi penyelenggaraan kegiatan dengan BLU UIN Sunan Kalijaga
4) PMA No, 40 tahun 2014 tentang perubahan atas PMA No. 22 tahun 2014 tentang statuta UIN Sunan Kalijaga , yaitu pada BAB IX tentang perencanaan dan BAB X tentang pendanaan dan Kekayaan
5) Keputusan rektor UIN Sunan Kalijaga No. 227.6 Tahun 2019 tentang pedoman mutu UIN Sunan Kalijaga;
6) Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga No. 80 tahun 2021 tentang penetapan tarif penerimaan pada pusat pengembangan bisnis UIN Sunan Kalijaga;
7) Surat edaran inspektur jenderal Kemenag no 54 tahun 2020 tentang Percepatan pelaksanaan pengadaan Barang/ jasa di lingkungan Kemenag tahun anggaran 2021
8) Keputusan menteri agama RI No 405 tahun 2018 tentang pedoman inventarisasi dan penilaian barang milik negara
9) Keputusan rektor UIN Sunan Kalijaga No. 227.6 tahun 2019 tentang pedoman penetapan mutu UIN Sunan Kalijaga, meliputi kebijakan mutu, manual mutu, standar mutu, sasaran mutu, dan rencana mutu
Pengelolaan sarana dan prasarana pada Program Studi Pendidikan Biologi berdasarkan pada beberapa kebijakan sebagai berikut:
1) Surat Edaran Inspektur Jenderal Kementerian Agama nomor 54 Tahun 2020 tentang Percepatan Pelaksanaan Pengadaan Barang/ Jasa Di Lingkungan Kemeneterian Agama Tahun Anggaran 2021
2) Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga No. 192.2 Tahun 2006 Tentang Pedoman Pengadaan Barang Dan Jasa No. 192.2 Tahun 2015
3) Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga No. 192.4 Tahun 2015 Tentang Pedoman Penatausahaan Barang Milik Negara
4) Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga No. 192.3 Tahun 2015 Tentang Inventarisasi Dan Penghapusan Aset
5) Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 405 Tahun 2018 Tentang Pedoman Inventarisasi Dan Penilaian Barang Milik Negara